Description du poste :

Le/La stagiaire rejoindra le département Data Science et contribuera à l'amélioration d'un pipeline d'analyse de données de séquençage métagénomique. Le contrôle qualité (Quality Control - QC) des données joue un rôle clé dans le développement des algorithmes de Machine Learning ainsi que dans la validation des résultats générés.

Ce stage offre une opportunité unique de travailler à l'intersection de la bioinformatique, de la génomique et de l'intelligence artificielle, au sein d'une entreprise leader du diagnostic in vitro.

Le/La stagiaire collaborera avec les équipes Data Science basées en France et aux États-Unis afin d'optimiser les stratégies de contrôle qualité appliquées aux données de séquençage génomique complet (Whole Genome Sequencing - WGS) et de contribuer à l'amélioration des processus d'analyse et de restitution des résultats.

Quelle est votre mission chez bioMérieux ?

Sous la supervision d'un Data Scientist, le/la stagiaire devra :

• Organiser et structurer de larges jeux de données WGS pour les analyses bioinformatiques et le suivi des indicateurs de qualité.
• Développer du code reproductible et partageable permettant l'analyse de données génomiques.
• Collaborer avec les membres de l'équipe Data Science France-US sur les développements techniques et méthodologiques.
• Synthétiser et communiquer les résultats à des publics non techniques.
• Définir des critères de contrôle qualité destinés à la sélection des jeux de données d'entraînement pour les algorithmes de Machine Learning.
• Définir des critères de contrôle qualité permettant de vérifier et valider les résultats générés par les modèles de Machine Learning.

Description du profil :

Qui êtes-vous ?

• Étudiant(e) en dernière année de formation (Bac+5 / Master 2) en Bioinformatique, Biologie Computationnelle, Data Science ou domaine connexe.
• Expérience dans l'analyse de données de séquençage génomique (WGS) et intérêt pour la génomique microbienne.
• Maîtrise de Python, Bash et des outils de gestion de versions tels que GitHub.
• Connaissance des approches de Machine Learning et des bonnes pratiques de reproductibilité des analyses de données.
• Excellentes capacités d'analyse, esprit critique et aptitude à résoudre des problématiques complexes à partir des données.
• Excellentes compétences en communication écrite et orale en anglais, avec la capacité à évoluer dans un environnement international et collaboratif.

Éligible à un stage à partir de janvier 2027.

Lieu : Marcy l'Étoile, France.